| 順位 | 住所 | 市区町村 | 地価調査 [1999年] | 順位 (前年比) | ||||
| 用途 | 金額 | 前年比 | 市 | 県 | 全国 | |||
| 1 | 長崎市幸町3-29 | 長崎市 | 準工業 | 310,000 円 | 95.38 % | 1 | 9 | 724 |
| 2 | 西彼杵郡時津町浜田郷字竹下625番2 | 西彼杵郡時津町 | 準工業 | 188,000 円 | 94.47 % | 1 | 10 | 836 |
| 3 | 佐世保市大塔町19番7外 | 佐世保市 | 準工業 | 172,000 円 | 100 % | 1 | 3 | 49 |
| 4 | 諫早市小川町70番1 | 諫早市 | 準工業 | 167,000 円 | 90.27 % | 2 | 12 | 1,167 |
| 5 | 諫早市貝津町2233番1 | 諫早市 | 準工業 | 165,000 円 | 93.22 % | 1 | 11 | 970 |
| 6 | 西彼杵郡長与町高田郷字フキノ迫3062番2 | 西彼杵郡長与町 | 準工業 | 160,000 円 | 95.81 % | 1 | 8 | 676 |
| 7 | 西彼杵郡多良見町囲名字田原445番 | 西彼杵郡多良見町 | 準工業 | 130,000 円 | % | 1 | 13 | 1,285 |
| 8 | 佐世保市広田4-11-1 | 佐世保市 | 準工業 | 125,000 円 | 98.43 % | 3 | 6 | 407 |
| 9 | 大村市松山町631番1 | 大村市 | 準工業 | 78,700 円 | 100 % | 2 | 3 | 49 |
| 10 | 島原市新馬場町902番1外 | 島原市 | 準工業 | 68,200 円 | 101.04 % | 1 | 1 | 36 |
| 11 | 福江市東浜町3丁目1418番1 | 福江市 | 準工業 | 62,400 円 | 97.96 % | 1 | 7 | 467 |
| 12 | 大村市松並2丁目866番4 | 大村市 | 準工業 | 57,000 円 | 100.35 % | 1 | 2 | 44 |
| 13 | 佐世保市棚方町268番2外 | 佐世保市 | 準工業 | 50,000 円 | 99.4 % | 2 | 5 | 328 |