| 順位 | 住所 | 市区町村 | 地価調査 [1999年] | 順位 (前年比) | ||||
| 用途 | 金額 | 前年比 | 市 | 県 | 全国 | |||
| 1 | 長崎市戸町3丁目667番1外 | 長崎市 | 工業地 | 97,500 円 | 98.48 % | 2 | 11 | 404 |
| 2 | 長崎市小浦町4番15 | 長崎市 | 工業地 | 81,000 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 3 | 佐世保市相浦町2726番 | 佐世保市 | 工業地 | 65,400 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 4 | 佐世保市干尽町6番16 | 佐世保市 | 工業地 | 64,100 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 5 | 諫早市貝津町1830番25 | 諫早市 | 工業地 | 34,600 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 6 | 大村市富の原2丁目430番 | 大村市 | 工業地 | 29,500 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 7 | 東彼杵郡東彼杵町彼杵宿郷字石町648番1 | 東彼杵郡東彼杵町 | 工業地 | 25,800 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 8 | 南高来郡吾妻町田之平名字石走200番1外 | 南高来郡吾妻町 | 工業地 | 15,800 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 9 | 北松浦郡佐々町神田免字京仙8番7 | 北松浦郡佐々町 | 工業地 | 14,700 円 | 103.52 % | 1 | 1 | 1 |
| 10 | 北松浦郡江迎町埋立免字新地2番32 | 北松浦郡江迎町 | 工業地 | 10,500 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |
| 11 | 北松浦郡小佐々町黒石免字小島517番12外 | 北松浦郡小佐々町 | 工業地 | 9,800 円 | 100 % | 1 | 2 | 15 |