| 順位 | 住所 | 市区町村 | 地価調査 [1999年] | 順位 (前年比) | ||||
| 用途 | 金額 | 前年比 | 市 | 県 | 全国 | |||
| 1 | 佐世保市口の尾町25番2外 | 佐世保市 | 区域内 | 64,500 円 | 100 % | 2 | 7 | 83 |
| 2 | 諫早市長田町2220番1内 | 諫早市 | 区域内 | 63,500 円 | 100 % | 1 | 7 | 83 |
| 3 | 佐世保市針尾中町1538番3外 | 佐世保市 | 区域内 | 34,600 円 | 100 % | 2 | 7 | 83 |
| 4 | 長崎市田中町4098番1 | 長崎市 | 区域内 | 32,500 円 | 103.17 % | 1 | 1 | 1 |
| 5 | 西彼杵郡長与町斉藤郷字大迫718番3 | 西彼杵郡長与町 | 区域内 | 31,500 円 | % | 1 | 11 | 1,467 |
| 6 | 西彼杵郡時津町西時津郷字大屋平1094番3 | 西彼杵郡時津町 | 区域内 | 28,500 円 | 101.42 % | 1 | 3 | 30 |
| 7 | 長崎市畦別当町302番1 | 長崎市 | 区域内 | 27,000 円 | 101.89 % | 2 | 2 | 14 |
| 8 | 西彼杵郡香焼町字遠見1839番1 | 西彼杵郡香焼町 | 区域内 | 26,000 円 | 100.39 % | 1 | 6 | 69 |
| 9 | 佐世保市楠木町174番1 | 佐世保市 | 区域内 | 25,100 円 | 101.21 % | 1 | 4 | 34 |
| 10 | 西彼杵郡多良見町西川内名字日當1857番 | 西彼杵郡多良見町 | 区域内 | 22,000 円 | 100 % | 1 | 7 | 83 |
| 11 | 長崎市畝刈町555番7 | 長崎市 | 区域内 | 19,500 円 | 100.52 % | 3 | 5 | 60 |