| 順位 | 住所 | 市区町村 | 地価公示 [1999年] | 順位 (前年比) | ||||
| 用途 | 金額 | 前年比 | 市 | 県 | 全国 | |||
| 1 | 長崎市茂木町889番9 | 長崎市 | 区域内 | 54,200 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |
| 2 | 長崎市木場町1590番 | 長崎市 | 区域内 | 49,200 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |
| 3 | 諫早市大字真崎本村名字東194番1 | 諫早市 | 区域内 | 34,700 円 | 101.76 % | 2 | 4 | 26 |
| 4 | 長崎市田手原町333番2 | 長崎市 | 区域内 | 32,300 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |
| 5 | 長崎市大山町121番3外 | 長崎市 | 区域内 | 31,100 円 | 100.32 % | 2 | 12 | 111 |
| 6 | 佐世保市松山町360番 | 佐世保市 | 区域内 | 29,900 円 | 101.01 % | 6 | 9 | 61 |
| 7 | 長崎市牧島町784番内 | 長崎市 | 区域内 | 29,600 円 | 101.72 % | 1 | 5 | 28 |
| 8 | 佐世保市木原町1823番1 | 佐世保市 | 区域内 | 28,900 円 | 100 % | 9 | 13 | 118 |
| 9 | 佐世保市矢峰町472番1 | 佐世保市 | 区域内 | 28,600 円 | 101.06 % | 5 | 8 | 55 |
| 10 | 諫早市本明町1610番1 | 諫早市 | 区域内 | 27,500 円 | 101.85 % | 1 | 3 | 22 |
| 11 | 佐世保市下本山町583番9 | 佐世保市 | 区域内 | 27,000 円 | 101.5 % | 3 | 6 | 33 |
| 佐世保市上原町219番内 | 佐世保市 | 区域内 | 27,000 円 | 101.5 % | 3 | 6 | 33 | |
| 諫早市川内町595番9外 | 諫早市 | 区域内 | 27,000 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 | |
| 14 | 長崎市太田尾町2348番1内 | 長崎市 | 区域内 | 25,500 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |
| 15 | 佐世保市新田町622番4 | 佐世保市 | 区域内 | 25,100 円 | 102.45 % | 1 | 1 | 11 |
| 16 | 佐世保市船越町103番2 | 佐世保市 | 区域内 | 23,200 円 | 100.87 % | 8 | 11 | 68 |
| 17 | 佐世保市江上町761番2外 | 佐世保市 | 区域内 | 22,700 円 | 100.89 % | 7 | 10 | 66 |
| 18 | 長崎市松原町1407番外 | 長崎市 | 区域内 | 21,200 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |
| 19 | 佐世保市城間町320番1 | 佐世保市 | 区域内 | 20,800 円 | 101.96 % | 2 | 2 | 18 |
| 20 | 長崎市四杖町477番 | 長崎市 | 区域内 | 19,800 円 | 100 % | 3 | 13 | 118 |